MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia burgdorferi B31 plasmid cp9

Total Repeats: 215

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_001904	A	6	6	158	163	100 %	0 %	0 %	0 %	11497057
2	NC_001904	A	8	8	175	182	100 %	0 %	0 %	0 %	11497057
3	NC_001904	ACA	2	6	204	209	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	11497057
4	NC_001904	TA	3	6	241	246	50 %	50 %	0 %	0 %	11497057
5	NC_001904	ATA	2	6	257	262	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11497057
6	NC_001904	AC	3	6	266	271	50 %	0 %	0 %	50 %	11497057
7	NC_001904	A	7	7	272	278	100 %	0 %	0 %	0 %	11497057
8	NC_001904	TAAAA	2	10	330	339	80 %	20 %	0 %	0 %	11497057
9	NC_001904	AAC	2	6	384	389	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	11497057
10	NC_001904	A	7	7	453	459	100 %	0 %	0 %	0 %	11497057
11	NC_001904	A	6	6	470	475	100 %	0 %	0 %	0 %	11497057
12	NC_001904	A	8	8	494	501	100 %	0 %	0 %	0 %	11497057
13	NC_001904	AGAT	2	8	540	547	50 %	25 %	25 %	0 %	11497057
14	NC_001904	ATA	2	6	587	592	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11497057
15	NC_001904	ATA	2	6	596	601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11497057
16	NC_001904	AGA	2	6	606	611	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	11497057
17	NC_001904	AAGA	3	12	608	619	75 %	0 %	25 %	0 %	11497057
18	NC_001904	A	7	7	679	685	100 %	0 %	0 %	0 %	11497057
19	NC_001904	ATA	2	6	734	739	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11497057
20	NC_001904	ATA	2	6	766	771	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11497057
21	NC_001904	AAATT	2	10	773	782	60 %	40 %	0 %	0 %	11497057
22	NC_001904	A	6	6	786	791	100 %	0 %	0 %	0 %	11497057
23	NC_001904	GAAA	2	8	822	829	75 %	0 %	25 %	0 %	11497057
24	NC_001904	A	7	7	878	884	100 %	0 %	0 %	0 %	11497057
25	NC_001904	A	6	6	920	925	100 %	0 %	0 %	0 %	11497057
26	NC_001904	TAT	2	6	957	962	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11497057
27	NC_001904	GAAA	2	8	1021	1028	75 %	0 %	25 %	0 %	11497057
28	NC_001904	A	7	7	1026	1032	100 %	0 %	0 %	0 %	11497057
29	NC_001904	CAA	2	6	1042	1047	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	11497057
30	NC_001904	AAAC	2	8	1064	1071	75 %	0 %	0 %	25 %	11497057
31	NC_001904	AAC	2	6	1091	1096	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	11497057
32	NC_001904	A	7	7	1098	1104	100 %	0 %	0 %	0 %	11497057
33	NC_001904	ATT	2	6	1193	1198	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11497057
34	NC_001904	ATT	2	6	1203	1208	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11497057
35	NC_001904	TAA	2	6	1214	1219	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11497057
36	NC_001904	A	6	6	1218	1223	100 %	0 %	0 %	0 %	11497057
37	NC_001904	A	6	6	1226	1231	100 %	0 %	0 %	0 %	11497057
38	NC_001904	TAGA	2	8	1253	1260	50 %	25 %	25 %	0 %	11497057
39	NC_001904	TA	3	6	1266	1271	50 %	50 %	0 %	0 %	11497057
40	NC_001904	AAT	2	6	1320	1325	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11497049
41	NC_001904	A	7	7	1338	1344	100 %	0 %	0 %	0 %	11497049
42	NC_001904	TTA	2	6	1349	1354	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11497049
43	NC_001904	A	10	10	1361	1370	100 %	0 %	0 %	0 %	11497049
44	NC_001904	TAA	2	6	1371	1376	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11497049
45	NC_001904	ATG	2	6	1399	1404	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	11497049
46	NC_001904	TGTTAA	2	12	1425	1436	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	11497049
47	NC_001904	A	8	8	1435	1442	100 %	0 %	0 %	0 %	11497049
48	NC_001904	GT	3	6	1451	1456	0 %	50 %	50 %	0 %	11497049
49	NC_001904	TA	3	6	1469	1474	50 %	50 %	0 %	0 %	11497049
50	NC_001904	A	6	6	1516	1521	100 %	0 %	0 %	0 %	11497049
51	NC_001904	T	6	6	1538	1543	0 %	100 %	0 %	0 %	11497049
52	NC_001904	A	6	6	1563	1568	100 %	0 %	0 %	0 %	11497049
53	NC_001904	ATGG	2	8	1588	1595	25 %	25 %	50 %	0 %	11497049
54	NC_001904	A	6	6	1600	1605	100 %	0 %	0 %	0 %	11497049
55	NC_001904	T	6	6	1661	1666	0 %	100 %	0 %	0 %	11497049
56	NC_001904	AAAG	2	8	1695	1702	75 %	0 %	25 %	0 %	11497049
57	NC_001904	AGAT	2	8	1706	1713	50 %	25 %	25 %	0 %	11497049
58	NC_001904	TAA	2	6	1722	1727	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11497049
59	NC_001904	A	6	6	1783	1788	100 %	0 %	0 %	0 %	11497049
60	NC_001904	A	6	6	1824	1829	100 %	0 %	0 %	0 %	11497049
61	NC_001904	A	8	8	1896	1903	100 %	0 %	0 %	0 %	11497050
62	NC_001904	GTT	2	6	1907	1912	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	11497050
63	NC_001904	A	6	6	1924	1929	100 %	0 %	0 %	0 %	11497050
64	NC_001904	GATA	2	8	1930	1937	50 %	25 %	25 %	0 %	11497050
65	NC_001904	TTA	2	6	1981	1986	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11497050
66	NC_001904	A	6	6	2021	2026	100 %	0 %	0 %	0 %	11497050
67	NC_001904	ACTGC	2	10	2177	2186	20 %	20 %	20 %	40 %	11497050
68	NC_001904	AAG	2	6	2187	2192	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	11497050
69	NC_001904	AGA	2	6	2203	2208	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	11497050
70	NC_001904	AAAG	2	8	2258	2265	75 %	0 %	25 %	0 %	11497050
71	NC_001904	A	7	7	2275	2281	100 %	0 %	0 %	0 %	11497050
72	NC_001904	A	8	8	2348	2355	100 %	0 %	0 %	0 %	11497050
73	NC_001904	GAA	2	6	2381	2386	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	11497050
74	NC_001904	CTT	2	6	2387	2392	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	11497050
75	NC_001904	A	6	6	2414	2419	100 %	0 %	0 %	0 %	11497050
76	NC_001904	GAA	2	6	2435	2440	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	11497050
77	NC_001904	AACTA	2	10	2588	2597	60 %	20 %	0 %	20 %	11497058
78	NC_001904	AAT	2	6	2615	2620	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11497058
79	NC_001904	ATT	2	6	2626	2631	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11497058
80	NC_001904	A	7	7	2798	2804	100 %	0 %	0 %	0 %	11497051
81	NC_001904	AAT	2	6	2822	2827	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11497051
82	NC_001904	A	6	6	2966	2971	100 %	0 %	0 %	0 %	11497051
83	NC_001904	CAA	2	6	3038	3043	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	11497051
84	NC_001904	TGT	2	6	3052	3057	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	11497051
85	NC_001904	AAT	2	6	3137	3142	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11497051
86	NC_001904	TGT	2	6	3160	3165	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	11497051
87	NC_001904	TCA	2	6	3191	3196	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	11497051
88	NC_001904	TAG	2	6	3222	3227	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	11497051
89	NC_001904	AAGTG	2	10	3244	3253	40 %	20 %	40 %	0 %	11497051
90	NC_001904	GAAAAT	2	12	3287	3298	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	11497051
91	NC_001904	A	6	6	3340	3345	100 %	0 %	0 %	0 %	11497051
92	NC_001904	TAT	2	6	3374	3379	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11497051
93	NC_001904	TTTA	2	8	3403	3410	25 %	75 %	0 %	0 %	11497051
94	NC_001904	A	6	6	3415	3420	100 %	0 %	0 %	0 %	11497051
95	NC_001904	ATG	2	6	3429	3434	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	11497051
96	NC_001904	A	7	7	3441	3447	100 %	0 %	0 %	0 %	11497051
97	NC_001904	TAA	2	6	3580	3585	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11497051
98	NC_001904	TAA	2	6	3622	3627	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11497051
99	NC_001904	ACG	2	6	3630	3635	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	11497051
100	NC_001904	A	7	7	3673	3679	100 %	0 %	0 %	0 %	11497051
101	NC_001904	TA	3	6	3695	3700	50 %	50 %	0 %	0 %	11497051
102	NC_001904	TAA	2	6	3710	3715	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11497051
103	NC_001904	TCTT	2	8	3914	3921	0 %	75 %	0 %	25 %	11497052
104	NC_001904	TTC	2	6	3928	3933	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	11497052
105	NC_001904	TC	3	6	3939	3944	0 %	50 %	0 %	50 %	11497052
106	NC_001904	AAT	2	6	4002	4007	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11497052
107	NC_001904	TAA	2	6	4056	4061	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11497052
108	NC_001904	GTT	2	6	4076	4081	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	11497052
109	NC_001904	TAA	2	6	4120	4125	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11497052
110	NC_001904	A	9	9	4186	4194	100 %	0 %	0 %	0 %	11497052
111	NC_001904	TCT	2	6	4256	4261	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	11497052
112	NC_001904	T	6	6	4273	4278	0 %	100 %	0 %	0 %	11497052
113	NC_001904	T	9	9	4292	4300	0 %	100 %	0 %	0 %	11497052
114	NC_001904	ATAA	2	8	4340	4347	75 %	25 %	0 %	0 %	11497052
115	NC_001904	TAA	2	6	4518	4523	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11497059
116	NC_001904	ATA	2	6	4532	4537	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11497059
117	NC_001904	AAT	2	6	4549	4554	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11497059
118	NC_001904	TTA	2	6	4569	4574	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11497059
119	NC_001904	GAAAA	2	10	4579	4588	80 %	0 %	20 %	0 %	11497059
120	NC_001904	T	7	7	4649	4655	0 %	100 %	0 %	0 %	11497059
121	NC_001904	TAAAT	2	10	4678	4687	60 %	40 %	0 %	0 %	11497059
122	NC_001904	TCA	2	6	4751	4756	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	11497059
123	NC_001904	TTAT	2	8	4757	4764	25 %	75 %	0 %	0 %	11497059
124	NC_001904	TTA	2	6	4775	4780	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11497059
125	NC_001904	TTTA	2	8	5576	5583	25 %	75 %	0 %	0 %	11497053
126	NC_001904	TAT	2	6	5596	5601	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11497053
127	NC_001904	ATG	2	6	5616	5621	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	11497053
128	NC_001904	ATTA	2	8	5647	5654	50 %	50 %	0 %	0 %	11497053
129	NC_001904	A	6	6	5705	5710	100 %	0 %	0 %	0 %	11497053
130	NC_001904	TTA	2	6	5713	5718	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11497053
131	NC_001904	T	6	6	5747	5752	0 %	100 %	0 %	0 %	11497053
132	NC_001904	TTTA	2	8	5812	5819	25 %	75 %	0 %	0 %	11497053
133	NC_001904	T	7	7	5829	5835	0 %	100 %	0 %	0 %	11497053
134	NC_001904	TGC	2	6	5847	5852	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	11497053
135	NC_001904	ATT	2	6	5874	5879	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11497053
136	NC_001904	TTGT	2	8	5888	5895	0 %	75 %	25 %	0 %	11497053
137	NC_001904	T	9	9	5909	5917	0 %	100 %	0 %	0 %	11497053
138	NC_001904	T	6	6	5942	5947	0 %	100 %	0 %	0 %	11497053
139	NC_001904	A	6	6	5948	5953	100 %	0 %	0 %	0 %	11497053
140	NC_001904	AAT	2	6	5965	5970	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	11497053
141	NC_001904	TTTA	2	8	6276	6283	25 %	75 %	0 %	0 %	11497054
142	NC_001904	TCT	2	6	6285	6290	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	11497054
143	NC_001904	TAT	2	6	6302	6307	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	11497054
144	NC_001904	CTA	2	6	6322	6327	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	11497054
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.